中国科学院上海营养与健康研究所、上海巴斯德所联合华为云推出新
新冠病毒基因组自动化鉴定平台(Virus Identification Cloud, VIC)是由中国科学院上海营养与健康研究所、中国科学院上海巴斯德研究所携手华为云共同打造的,于2月10日正式上线。这一创新平台致力于推动疫情的诊治与防控工作,并大幅提高诊断效率,为我国乃至全球的疫情防控工作注入新的动力。
在防控新冠病毒疫情的关键时刻,精准高效的确诊手段至关重要。根据国家卫健委发布的相关诊疗方案,仅依靠临床表现和胸部影像难以对新冠病毒进行准确鉴别,病原学检测是确诊的关键。基因组测序作为病原学证据之一,对于病毒溯源、变异进化、致病机理等方面的研究具有基础性作用。
VIC平台直接对接二代基因测序原始数据,具备全自动质量控制、数据拼接以及病毒组成分析等功能。该平台能够实现快速检测样本中可能存在的包括新型冠状病毒在内的各种病毒,并在线分析其相对载量。基于这些分析结果,平台能够精准识别病毒基因特性,监测病毒变异趋势,为后续疫苗与药物的研发提供宝贵的数据支撑。
值得一提的是,VIC平台简化了操作流程,实现了从病毒组基因组测序到基因组拼接与鉴定的“一键式”自动化服务。各医院只需上传病例原始数据至云端,即可触发自动化的病毒基因分析流程,并获得全基因组分析结果。华为云容器为VIC平台提供了强大的自动化测序分析引擎和算力支持,能够支持高通量多样本云端并行分析。
上海市公共卫生临床中心、上海交通大学医学院附属瑞金医院以及中国科学院广州生物医药与健康研究院作为首批用户,已在VIC上完成了批量新型冠状病毒肺炎患者样本的基因组原始测序数据分析。这一平台的出现不仅为全面分析研究患者的呼吸道病毒组、研究其致病因子提供了支撑,还帮助医院进行临床诊断,为采取相应治疗措施提供了参考。更重要的是,通过监测病毒变异趋势,可以便于医院各界提前应对。
目前,VIC面向科研用户免费开放,为科研工作者提供了便利的工具,以便更好地应对疫情。
访问该平台,请访问 和